Les empreintes génétiques, un outil fiable pour vérifier l’authenticité des variétés de fraise

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La technique fiable des empreintes génétiques, telle que dans la série télévisée « Les Experts » ou dans la police scientifique, est utilisée au Ciref par Aurélie Petit au sein du laboratoire de l’INRA de Bordeaux, afin de vérifier l’authenticité des variétés de fraise. Par exemple, chaque sélection ou variété du Ciref, mise en expérimentation en dehors du site de Douville, est identifiée par empreintes génétiques. Cette technique est également utilisée pour s’assurer de l’absence de mélanges de plants, sur plants et fruits. Ainsi, tous les stolons des variétés du Ciref envoyés aux laboratoires de culture in vitro pour fabrication des vitroplants F1, sont systématiquement vérifiés chaque année depuis 2008. Ce contrôle réalisé volontairement, n’est pas obligatoire ; il s’inscrit dans la démarche d’assurance qualité du Ciref.

C’est en 1985, que Lord Alec Jeffreys, docteur britannique en génétique, découvre la méthode d’identification par l’ADN chez l’homme : chaque être vivant (homme, animal, plante, bactérie…) est caractérisé par une empreinte génétique qui est comparable à un code-barres car il s’agit d’un ensemble de bandes ADN spécifiques d’un individu. La technique est ensuite commercialisée en 1987. Actuellement, elle est utilisée en routine par la police scientifique et quelques laboratoires. Chez les plantes, l’intérêt majeur de cette technique est de pouvoir déterminer la variété d’un échantillon de manière fiable, en toute saison, à n’importe quel stade du développement de la plante et à partir de n’importe quel organe (feuille, fruit…).

Le Ciref utilise la technique depuis une dizaine d’années. Mais en 2013, le Ciref a développé la même méthode qu’au BioGEVES avec 5 marqueurs ADN et moins de produits toxiques qu’auparavant. Depuis, la technique est continuellement optimisée pour être plus rapide, moins onéreuse, et adaptable au nombre d’échantillons (en tube pour quelques échantillons ou en plaque de 96 échantillons pour le haut débit). Par analyse, il est aussi possible de mélanger des fragments de feuille de quelques plants d’une même variété ou d’un lot, réduisant ainsi le coût du test.

La méthode des empreintes génétiques comporte plusieurs étapes successives. Au laboratoire, une petite quantité de feuille ou de fruit est d’abord prélevée, son ADN est extrait et quantifié, les empreintes génétiques (carte d’identité génétique d’un individu) sont ensuite obtenues par amplification des marqueurs ADN par la technique de « Polymerase Chain Reaction » qui fabrique spécifiquement de nombreuses copies de ces marqueurs pour qu’ils soient « visibles ». Puis, les empreintes sont visualisées par la technique de l’électrophorèse sur séquenceur capillaire permettant de séparer et identifier les empreintes qui sont enfin analysées avec un logiciel informatique et interprétées.

Exemple d’empreintes génétiques de fraisier : vérification variétale par comparaison des empreintes génétiques de 2 échantillons à analyser à celles de la variété témoin. Les empreintes génétiques de l’échantillon n°1 sont identiques de celles de la variété témoin : la variété de cet échantillon est la même que le témoin. Les empreintes génétiques de l’échantillon n°2 sont différentes de celles de la variété témoin : la variété de cet échantillon est différente que celle du témoin

Exemple d’empreintes génétiques de fraisier : vérification variétale par comparaison des empreintes génétiques de 2 échantillons à analyser à celles de la variété témoin. Les empreintes génétiques de l’échantillon n°1 sont identiques de celles de la variété témoin : la variété de cet échantillon est la même que le témoin. Les empreintes génétiques de l’échantillon n°2 sont différentes de celles de la variété témoin : la variété de cet échantillon est différente que celle du témoin

A terme, ce service de vérification variétale pourra vous être proposé afin de vous assurer de la conformité variétale d’un lot à partir d’un échantillonnage, ou après observation de plants suspects présentant des caractères non spécifiques de la variété (phénotype non-conforme).